Het Martini Ziekenhuis is NIAZ-geaccrediteerd.

De activiteiten van de ziekenhuisapotheek zijn vastgelegd en geborgd in een kwaliteitssysteem. De daarin opgenomen procedures en werkinstructies zijn gebaseerd op de geldende normen en standaarden voor de ziekenhuisfarmacie (BAZ = Beroepsstandaard voor Apotheken in Ziekenhuizen) en op wet- en regelgeving.

De ziekenhuisapotheek voldoet ook aan de eisen voor GMP (Good Manufacturing Practice) voor ziekenhuizen en is ISO 15189-gecertificeerd. Een traject voor het behalen van ISO 9001-certificering van de ziekenhuisapotheek loopt en zal in 2018 worden afgerond.

Met betrekking tot het vervoer van geneesmiddelen voldoet de ziekenhuisapotheek aan de Europese richtlijnen voor GDP transport. De omgevingstemperatuur van de geneesmiddelen wordt permanent gemeten d.m.v. een gevalideerd systeem. Daarnaast wordt gewerkt worden met track & trace zodat de geneesmiddelen tijdens transport op ieder moment zijn te traceren.